Phù hợp với cách tiếp cận phòng ngừa, có trong Nguyên tắc 15 của Tuyên bố Rio về Môi trường và Phát triển, mục tiêu của Nghị định thư là góp phần đảm bảo mức độ bảo vệ thích hợp trong lĩnh vực chuyển giao, xử lý và sử dụng an toàn các thực phẩm cải tiến các sinh vật sinh ra từ công nghệ sinh học hiện đại 'có thể có tác động xấu đến việc bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học, cũng tính đến các rủi ro đối với sức khỏe con người và đặc biệt tập trung vào các chuyển động xuyên biên giới (Điều 1 của Nghị định thư, SCBD 2000).